На первый взгляд кажется, что это невозможно, ведь подлодки достаточно сильно отличаются от обычных кораблей и полностью герметичны.

Подлодка хоть и не утонет, но травмы экипажа, порча оборудования, протечки технических жидкостей, пожары и даже пробоины при этом будут точно. Насколько переворачивание подлодки вероятно в реальности? Да, такое может случиться если при проектировании подлодки были нарушены основополагающие принципы - в этом подводные судно не сильно отличается от надводного. Главным параметром при этом является остойчивость - способность судна с одной стороны противодействовать внешним силам вызывающим крен (лево-право) или дифферент (нос-корма) и возможность судна возвращаться в прежнее положение после окончания воздействия возмущающего фактора. Подлодки в этом отношении сложнее чем обычные корабли, так как для них надо высчитывать еще и остойчивость для подводного положения.

Последний фактор сильно зависит от правильного распределения продуктов и грузов на борту, тут подробнее.