Всего же немцы восстановили до летного состояния 40 бомбардировщиков этого типа за годы войны и обозначали их в документах как "Дорнье-200". Они применяли их в разных областях, начиная с тренировочных полетов, во время которых немецкие истребители отрабатывали нападение на B-17, заканчивая забросом в тыл союзников диверсантов и для снабжения отдаленных гарнизонов.

Больше всех B-17 эксплуатировали в 200-й бомбардировочной эскадре Люфтваффе, которая принимала участие во многих секретных операциях.

Известно как B-17 использовали в качестве приманки. Немецкий B-17 пристраивался за возвращающимися американскими самолетами под видом поврежденного и отстающего. Расчет был на то, что несколько B-17 отделятся от строя для сопровождения своего товарища, после чего станут легкой добычей для немецких истребителей. Так же фальшивый B-17 мог сам начать стрелять по самолетам американцев из бортового вооружения.

Вскоре американцы создали инструкцию по идентификации настоящих B-17.