В ходе войны функции и ведомственная принадлежность заградительных отрядов постоянно менялась. В начале февраля 1941 года от НКВД отделился Народный комиссариат государственной безопасности - НКГБ. Военная разведка была выделена из НКВД и передана наркомату обороны, где под неё было создано третье управление.

27 июля 1941 года 3-е управление НКО издало директиву о своей работе в военное время. Согласно этой директиве организовывались подвижные контрольно-заградительные отряды. В июле 1941 НКВД и НКГБ опять объединили и отряды третьего управления были преобразованы в особые отделы и перешли в подчинение НКВД.

При особых отделах дивизий и корпусов были созданы отдельные стрелковые взводы, при армиях роты, при фронтах батальоны - все из состава войск НКВД. Именно эти подразделения и стали известны как заградотряды. Чем они занимались?

Если кратко - они занимались потерявшимися красноармейцами: вышедшими из окружения и отставшими от своей части (их отправили обратно в  часть). В их числе могли быть дезертиры, агенты противника, диверсанты, бежавшие из плена, предатели, паникеры.

Они имели право на предварительное расследование в течении 12 часов, после чего передавали задержанных судебным органам. Среди повседневных задач заградотрядов, была борьба с бандитами. Так в июне 1941 года, при третьем отделе Балтфлота был сформированный заградотряд из маневренной роты на автотранспорте, усиленная двумя броневиками. Действовал в Эстонии и там был направлен на борьбу с бандами местных нацистов, нападавших на отдельных красноармейцев и малочисленные подразделения РККА. 

В сентябре 1941 на фронте сложилась ситуация близкая к катастрофе, поэтому ставка по просьбе командующего Брянским фронтом генерала Еременко, разрешила создать заградотряды в тех дивизиях, которые зарекомендовали себя как неустойчивые. Через неделю эту практику распространили на все фронты - на каждый полк по одной роте.

В первую очередь такие заградотряды помогали командиру поддерживать дисциплину и порядок, а так же имели право расстреливать инициаторов паники и бегства. Такие заградотряды уже состояли из бойцов РККА, а не НКВД. К примеру с 1 августа по 15 октября 1942, эти отряды задержали 140755 красноармейцев, 3980 из них арестовали и 1189 расстреляли.

Интересное видео про заградительные отряды.