В 1941 году высотные Ju 86 совершали безнаказанные полёты над Москвой, проводя воздушную разведку. Достать их было невозможно, ни истребители, ни снаряды не долетали до этих высотных самолетов.

Это был первый серийный самолет с гермокабиной, максимальным потолком полета 14 тысяч метров и необычными дизельными моторами.

Ставка на авиадизели не была случайной, температура выхлопных газов такого двигателя примерно на 300 градусов ниже чем у бензинового собрата, следовательно для нормальной работы мотора и турбокомпрессора в разряженном воздухе стратосферы, теоретически должно было возникнуть меньше трудностей, в том числе с подбором жаропрочных материалов.

В 1939 году такой мотор наконец был собран. Кроме турбокомпрессора приводимого в движение потоком выхлопных газов, новый дизель Jumo 207 A, имел охладитель и механический центробежный нагнетатель, проходя через который воздух дополнительно сжимался, обеспечивая высокую мощность на значительных высотах полета.

Изначально самолет Junkers Ju 86 планировалось использовать как разведчик, но в 1939 году конструкторы предложили переделать несколько списанных Ju 86 в бомбардировщики.