14 января 2000 года генералу Малофееву были поручены разработка и проведение специальной операции по овладению силами батальона Внутренних войск МВД РФ зданиями Грозненского консервного завода. Это была важная стратегическая задача по штурму города.

Утром 17 января 2000 года две штурмовые группы выдвинулись к западной окраине завода. Понимая складывающуюся обстановку, боевики отчаянно оборонялись, открыв плотный огонь из стрелкового оружия.

В это время на северо-западную окраину Грозного прибыл сам генерал с оперативной группой, состоявшей из начальника артиллерии 276-го мотострелкового полка 34-й МСД, двух связистов и капитана-стажёра. Посчитав, что после проведенной мощнейшей огневой подготовки, в ближайшем к боевикам здании в живых никого не осталось, генерал занял его.

Но это было поспешным решение, боевики находились в подвале, выйдя из которого столкнулись с группой российских офицеров. Завязался бой в котором Малофеев прикрывая огнем отходящих товарищей погиб под обломками стены.