5 марта 1999 года в аэропорту Грозного Шпигун сел в самолёт авиакомпании "Асхаб" для перелёта в Москву, чтобы отметить 8 марта с женой. Его охрана осталась  снаружи. В самом начале разгона по ВПП из багажного отделения вылезли террористы, к которым присоединились два человека из салона. Они оглушили генерала, взяли его в заложники и остановив самолет увели в сторону Терского хребта.

Уже вскоре боевики потребовали за генерала 17 миллионов долларов, потом семь, три, опять пять. Где его содержали достоверно неизвестно. Опасаясь российских силовиков, чеченцы перевозили генерала с места на место, в том числе содержали на территории Грузии.

31 марта 2000 года в районе села Итум-Кали местные жители обнаружили тело неизвестного - это был бежавший из плена и замерзший генерал Шпигун. Но до сих есть сомнения, что это был действительно он. Подробности в двух видео.